常用的shell指令介绍
对于刚进组的师兄师弟们来说,依照惯例研一是上课多,基本上都在学习一些理论知识,近来有师兄问我如何在自己win系统下安装vasp,所以在这儿出一期学习手册,我认为入门估算第一步是先熟悉操作,再去实验中渐渐领会一些命令的用法,在熟悉了以后再学习编译一些vasp代码脚本完成自己想要实现的功能。内容比较短,都是我做了一年估算常用到的一些命令,有新用到的我会补充!
为何学习Linux系统的操作呢?
VASP代码的编译和使用都是在Shell脚本中完成的,Shell脚本和Linux系统的操作指令基本上是一致的,因而学习一些基础的指令和操作对于之后的估算得心应手是由很大的帮助的。
大多数的估算在wins系统下的CPU、内存等资源借助率很低,而在linux系统下几乎能达到100%的借助率,这也是为何你们都使用linux系统的诱因。
其实了用win系统也不用害怕,咱也是用这个渐渐学的linux关机命令,踏塌实实来就好。组里的估算主要是通过海珠二号超算平台递交任务的,这对于我们小白来说入门是再好不过了,可以很容易再win系统上操作,前期也不用太关注环境配置之类的比较深的东西,(对我来说比较深哈,材成出身,看到代码些许头痛)。言归正传,为何学习linux系统的操作呢,由于vasp的编译,安装,递交任务等等所有的操作在win系统下是很难完成的,都须要利用指令来完成。
假如想要提早接触提早上手操作,建议利用虚拟机去完成联系,这个就看个人喜好了,我目前是安装了ubuntu虚拟机,由于当时不太懂这种东西,也不好意思麻烦老总去帮忙安装这个,就在天猫上找人远程帮忙了linux关机命令,还是挺好用的。在虚拟机里可以完成文件加的创建,文件的编撰,以及去写一些简单的vasp文本,encut测试脚本之类的玩意儿,还是很有帮助的。
Shell指令
1、ls命令(也有人用ll,相当于ls-l),主要用于显示文件和目录的信息,通常直接ls或则ll就行,目前我用过的有
ls-al显示所有文件包括隐藏文件的详尽信息
ls-l显示文件属性,包括大小,日期,符号联接,是否可读写及是否可执行
2、cd命令,可以理解为”打开“,
cdfiles打开文件夹files
cd…返回上级目录
cd~返回根目录
3、mkdir命令linux 虚拟主机,创建目录,也就是win系统下创建文件夹的意思(touch可以用于创建新的文件)
mkdir test #在当前目录下创建一个名叫test的目录
cd test #打开test目录
touch INCAR #在该目录下创建INCAR文件
4、cp命令,copy的简写,就是复制,可以cpfilefiles,把个别文件放在某个文件夹里,旁边的是文件夹位置,比如在估算完成模型弛豫以后,须要完成自洽估算或则重新弛豫,可以构建一个新的文件夹之后将之前的文件带过去:
mkdir test #创建名为test的文件夹
cp INCAR CONTCAR POTCAR KPOINTS test #将四个输入文件复制到test
cd test #打开test文件夹
#之后就可以在这个文件力操作啦,不建议直接在原文件上修改覆盖
(悉心的师兄师姐可能会发觉四个输入文件为何会有CONTCAR而没有POSCAR呢,虽然CONTCAR是POSCAR在vasp估算以后得到的新的原子晶胞和原子占位信息的文件,和POSCAR反应的信息是一模一样的,不一样的一点是CONTCAR是估算以后的,基于估算以后的结果再估算的时侯就须要这个文件啦,开始上手估算就明白了)
5、rm命令,remove,删掉命令
rm INCAR #删除INCAR文件
rm -rf INCAR #删除INCAR文件
rm -rf test #删除test文件夹
6、mv命令,这个命令主要有两个功能,一个是move,也就是将文件或则文件加移到别的目录,第二个就是可以重新命名文件或则文件夹,取决于mv旁边的文件名的方式
mv INCAR test #把INCAR文件移动到该目录下的test文件
mv INCAR POSCAR #把INCAR文件重命名魏POSCAR
7、pwd命令,显示当前目录,有时侯会忘掉自己在哪些目录下边,可以用这个命令查看!
8、vi/vim命令,查看文件内容,假如须要更改编译,须要在vi模式下输入新的指令,例如o,下一行开始编辑,i在光标当前位置编辑等等,退出编辑使用:q,倘若是更改后的的可以使用:w保存,也可以:wq保存并退出,也可以:q!强制退出不保存更改,可参考右图(图片来始于新手教程)
9、cat命令,这个命令比较好用,我拿事例说明吧
cat POTCAR #查看POTCAR文件,这里有带你类似于vi了
cat ~/POTCAR > POTCAR #把根目录下的POTCAR文件内容写到当前目录下POTCAR中
cat ~/POTCAR >> POTCAR #把根目录下的POTCAR文件内容复制到当前目录下POTCAR中
10、more命令,less均为显示文件内容,还可以使用head显示前十行,tail显示后十行等
11、passwd命令,这个命令也常用到,拿来修改密码,在超算服务器上要求三个月改一次,所以也会用到linux漏洞扫描,对于超算系统一些特有的指令,我推荐去读一下海珠的系统用户指南(百度云盘自取),可以了解一些怎样登录服务器,怎么操作,怎么使用等等,还是比较有用的,对于操作软件不晓得使用什么的,可以去瞧瞧我的第一性原理估算介绍,可以按我的先用,等发觉好的了再用别的(也记得分享给我!)
以上命令以及指南中介绍的,yhq(查看当前进程)等命令都是平常可以用到的,可以多多实践多多学习,建议跟随大师弟的教程在linux或则shell中去操作联系,大师弟的教程可以在大师弟科研网自取,也可以在我的第一性原理手册中取。
学习更多关系linux指令或则相关内容的,建议去新手教程读一读!